Uno de los pilares de Flor de Alfalfa es su hato ganadero. De hecho, es el rancho con mayor número de vacas Jersey registradas ante la Asociación Mexicana de Criadores de Ganado Jersey. Esta raza se distingue por la calidad de su leche, que contiene hasta un 20% más de proteína, grasa y azúcares en comparación con otras razas lecheras. Además, el ganado en Flor de Alfalfa es de libre pastoreo, lo que contribuye a sus lácteos de gran sabor.