Fue el primer templo religioso que se construyó en Querétaro, iniciando su construcción entre 1550 y 1598. Además del templo, el convento contaba con un huerto, un gran atrio que funcionaba como cementerio, y otras capillas las cuales fueron demolidas durante la Reforma. El templo fungió como catedral de Querétaro entre 1856 y 1922.
A lo largo de los años ha recibido múltiples restauraciones, y en 1934 una parte del convento se destinó para ser museo, conocido actualmente como “Museo Regional de Querétaro”.
