Ubicado en donde se fundó la ciudad de Querétaro, este templo lo erigió fray Antonio Lináez en el siglo XVII y se convirtió en el primer colegio para misioneros de América, de donde salió Fray Junípero Serra.
Es de estilo clasicista y en su interior alberga una cruz de piedra, la cual supuestamente es una réplica de la que vieron los indígenas sobre el cielo en el año 1531 justo después de haber sido derrotados por los españoles en este mismo sitio.
En su interior se encuentra el "árbol de las cruces", cuyas espinas tienen esta forma. Actualmente es un convento.