Este sitio histórico de la ciudad nació en lo que fue un antiguo huerto y cementerio del Templo de San Francisco, y fue conocida en el siglo XVIII como "Plaza San Francisco" o vulgarmente como “Plaza de Abajo” (este último nombre en relación con la que hoy es Plaza de Armas).
En la primera década del siglo XIX se le conocía como “Plaza del Recreo” (donde se realizaron anteriormente circos taurinos de madera para importantes festividades ocurridas entre el siglo XVII y XVIII. Las Calles de Querétaro, 1910) compartiendo la propiedad con el convento de San Benito, ubicado en lo que era el cementerio de San Francisco.
Esta plaza reconocida por los escombros tras la Guerra de Reforma, fue un lugar, que más allá de su desolación servía como tianguis los domingos, hasta su restauración, iniciada en 1874 por el entonces gobernador Benito Zenea, de quien lleva hoy su nombre actual. Sin embargo, la plaza fue terminada una década más tarde, con la fuente de la Diosa de Hebe, regalo de la casa Rubio al Ayuntamiento, y posteriormente fue agregado durante el porfiriato, el kiosko estilo art noveau que permanece hoy en día.
Pasada la Revolución, luego del asesinato del general Álvaro Obregón, en 1928, se le da el nombre de Jardín Obregón, el cual dura apenas unas décadas para regresar a su nombre actual en 1990.
Hoy en día, esta plaza ve transitar cientos de personas, quienes se sientan en las bancas bajo la sombra de los frondosos árboles, para disfrutar del paisaje, de un buen danzón o algún otro evento cultural, haciendo del Jardín Zenea, uno de los lugares más entrañables de la vida cotidiana queretana.
