Comenzó a construirse en 1725 por la orden franciscana y se concluyó en 1731. Durante todo este tiempo, y hasta 1754 sirvió como convento. Años más tarde, en 1756, el entonces párroco, don Mariano del Villar, mandó erigir la única torre campanario con cantera roja, y más adelante el párroco Gregorio González ordenó la construcción de la fachada neoclásica en la que aparece un nicho con la imagen labrada de la Virgen de Guadalupe y Juan Diego. Aunque la parroquia está dedicada a los apóstoles San Pedro y San Pablo, la santa patrona es la Virgen del Sagrario. Su retablo, es considerado uno de los más bellos de América Latina.