El 8 de abril de 1941 fue creado el municipio de San Joaquín con localidades del municipio de Cadereyta; el 10 de junio de 1957, se crea la Vicaría residencial de San Joaquín, perteneciente a la parroquia de San Antonio del Doctor. En esta Vicaría se crea la Parroquia de San Joaquín el 16 de agosto de 1962, teniendo como su primer párroco al padre Eusebio Sánchez Luna.
El templo parroquial era muy pequeño, su capacidad era para 150 personas, en aquel entonces San Joaquín contaba con 4,000 habitantes sin contar a los fieles de otras comunidades.
En la década de los 70´s los habitantes de San Joaquín buscaron la manera de construir un nuevo templo o en su defecto ampliarlo, pero por falta de recursos económicos no había sido posible. Aun con ello, en 1982 se iniciaron las obras para su ampliación; del antiguo templo sólo se conservaría la torre.
A partir de ese momento se le empezó a dar más impulso a la obra, misma que continuó con todos los nuevos párrocos que llegaron al pasar de los años. Desde el 10 de agosto de 2015, el actual párroco es el Pbro. Clemente Hernández Montes.
