Este templo fue construido por Don Diego de Tapia, quien fuera el hijo del fundador de Querétaro, Don Fernando de Tapia, ampliamente conocido por su nombre indígena Conin.
Fue uno de los conventos más grandes e importantes de la Nueva España, aunque por la guerra de Reforma perdió gran parte de sus instalaciones.
El templo como lo conocemos actualmente fue terminado en 1668 y se convirtió en sede de la Parroquia del Sagrado Corazón en 1921.
