Fundada en 1538 por los españoles la Villa de Amealco estaba sujeta a la jurisdicción de San Jerónimo Aculco. La palabra Amealco es una voz náhuatl, Ameyalco o Amellayi, fuente o manantial. Este significado ha sido interpretado en otro sentido hasta derivar en el de "lugar donde brota el agua de las rocas". Desde 1985, por acuerdo del Congreso del Estado, el municipio lleva agregado el nombre de Bonfil, como homenaje a Alfredo Bonfil, quien fue un líder campesino a nivel nacional y Ministro de la Secretaría de Agricultura y Ganadería. En abril del 2018 sus muñecas artesanales, "Dönxu" y "Le̲le", fueron declaradas Patrimonio Cultural del Estado de Querétaro. A partir del 11 de octubre de 2018, Amealco fue declarado pueblo mágico.
Dato curioso: Los fines de semana en la Plazuela Miguel Hidalgo se lleva a cabo el tianguis donde se pueden degustar las tradicionales tostadas de arriero.
