El convento comenzó a construirse en 1718, con la finalidad de albergar a las monjas Clarisas Capuchinas que venían del Convento de San Felipe de Jesús en la Ciudad de México.
En su viaje a Querétaro, las religiosas fueron acompañadas por el Marqués de la Villa del Villar del Águila, quien protagoniza una popular leyenda queretana. Se dice que el Marqués se enamoró profundamente de una de las monjas que venían en la comitiva, Sor Marcela, y fue por ella, que mandó a construir el Acueducto para abastecerla de agua.
Debido a las Leyes de Reforma, en 1861 las Capuchinas fueron enclaustradas, y después de eso el convento fue usado como cuartel. En 1867 el edificio resguardó como prisionero a Maximiliano de Habsburgo días antes de ser fusilado en el Cerro de las Campanas. Actualmente este inmueble forma parte del Museo de La Ciudad.
